也就在虚云和尚发心率众重建华亭寺期间，滇省境内战火不断，散兵乱窜，流弹时有。那年到了秋收时节，附近百姓怕兵劫与战乱，吓得连田里收割稻子都不敢去。有见于此，虚云和尚仍发大慈悲，主动亲自前往附近军队驻地，与官长交涉协商，议定由华亭寺僧率百姓去收割粮食，军队不得骚扰。谈妥之后，虚云和尚又大开华亭寺山门，让附近乡民入寺共住，再由寺僧领着去收割粮食。这样一来，附近数村乡民蜂拥而至，华亭寺中陡增上千人，粮食十分紧张，没有办法，虚云和尚只好率领僧俗两众节食省粮。后来粮食少了就煮粥充饥。到了粮食告尽之日，僧俗两众就用糠和其他杂粮混煮，赖以度日。此时的虚云和尚，虽然已经是80多岁的老人了，但他却以身作则，和大家同甘共苦，乡民们见状很为感动。

进住华亭寺后，尽管条件十分艰苦，虚云和尚在主持修复重建殿宇的同时，每年如期启坛传戒，以戒法振兴寺风。自己又在方便之时，先后为四众弟子开讲《楞严经》等法宝。因而，声名远播，慕名前来瞻礼者甚众。就是这样，虚云和尚在华亭寺一住就住了10年之久。寺宇重建方才大体告竣，但诸殿内的佛、菩萨圣像急待重塑，经费的筹集又成了摆在虚云和尚面前的头等大事。

二、严肃规矩，重振鼓山道风

民国十七年（1928）夏，为募集华亭寺重塑佛像急需的款项，虚云和尚不顾自己已是年近90岁的高龄，毅然出滇，取道香港至上海，再折回福建。正好福州涌泉寺方丈达慧和尚往生，名刹主持乏人。当时兼任福建省府主席的海军部长杨幼京（字树庄）和前任省府主席方声涛听到虚云和尚回闽的消息，亲自率领地方官绅和信众，恳切礼请虚云留下来住持涌泉寺法席。虚云和尚想到这里是自己剃染与受戒之地，衣钵堂所在，更是历代祖宗恩师弘法之所，光大山门，重兴祖庭，责无旁贷。于是，虚云和尚依然是率徒一人，一笠、一蒲、一铲、一藤架，步行上了鼓山，执掌法席。

然而，入院之后，虚云和尚巡视全山，目睹鼓山已是今非昔比。寺院门外，杂摊遍布。进入寺中，寺僧懈怠，多失庄严，规矩扫地。而且，好端端的一座十方丛林，竟沦为子孙庙，道风颓败，乌烟瘴气，以至出现僧人剃度之后，受戒与否无人过问。热衷之事，倒是挂名比丘，捐金若干，即尊为首座，坐享尊荣；捐金略少，则名列知客，把持客堂，坐收襯钱。此风盛行，致使一寺首座多达百余人，就连知客也有八九十人。寺中规矩更是一塌糊涂，僧人在寺中私收徒众，子孙相续，结帮成伙，你争我斗，此伏彼起。寺中小灶比比皆是，私设伙食，习以为然。寺中禅堂徒有其名，除一二个老年僧人看管门户，好的时候坐上4支香，懒时连坐安息香的人都没有，更不要说坐长香和打禅七了。禅堂中冷冷清清，尘积灰堆。非仅如此，就连法堂、大雄宝殿之中，只是连日经忏，且不如法。在佛殿中央又建土台，拜忏之时，俗乐与梵音杂奏，白衣偕缁衲同嬉，令人难于耳闻目睹。整座寺院，成为赖佛图生者之所归。又因寺院地处福州近郊，加之风景秀丽，香火较盛，于是一般闻利而趋、裨败如来之徒却蜂拥而至。入寺之后，无视戒律，胡作非为，弄得整个寺院混乱之至。

晋院之后，虚云和尚首先整顿寺风，除旧布新。第一步整理制度，重订《僧人共住规约》、《客堂规约》、《斋堂规约》、《禅堂规约》等悉仿镇江金山寺，从严管理，屏除旧习陋规。不许任何人在寺内私收徒弟，以铲除子孙派系的出现。虚云和尚作为方丈，以身作则，遵守此规。接着严禁僧人在寺中私造伙食，取消小锅饭菜。常住僧人上至方丈，下及沙弥一律过堂。外来客人施主，由客堂接待，小寮供应伙食。第二步加强常住人员管理。对百余个以捐金而获首座尊号者，一律取消。当家、知客人选严加选择。从原有的七八十人中礼请5人为当家，5至8人为知客。落选者即为清众，各归寮口。全寺僧众各视情况，分属寮口，参加农禅，各司其事。加强僧值职责，肃风整纪，上殿过堂，出坡参禅，悉遵规制。如有违者，均按祖师规约处置。同时，虚云和尚亲自礼请江苏镇江金山寺后堂堂主月霞法师为鼓山首座，兼职主持禅堂。又礼请江苏苏州岩山灵岩寺慈舟律师前来主持戒律学院，教习毗尼，垂范众僧。恢复僧众每月黑白布萨诵戒制度。僧众除老弱病残者外，每日参加农禅修持。每年春初，全寺修忏摩法，共拜万佛忏半个月。