第三则是加强禅堂建设。虚云和尚亲自率众将禅堂彻底清扫粉刷一新后，遵历代祖师所传并参照镇江寺（禅堂规约），扩充禅堂，选派坐长香僧众六七十人。恢复原有每日坐12支安息香的参禅制度，僧众齐坐。每年冬天加香打禅七。在加强禅堂建设的同时，虚云和尚以广博宽广的胸襟，将寺中原有念佛堂也修复一新，成就有志于修念佛法门者。堂内有三四十人长住，以念佛为课。念佛堂也礼请慈舟律师主持之，以启正信正修。第四则是启坛传授三坛大戒，以续佛慧命，绍隆佛种。就在晋山后的第二年（即民国十九年，公元1930年），虚云和尚在鼓山启坛，自任传戒和尚，礼请文质律师为羯磨阿阇黎、慈舟律师为教授阿阇黎，为数百名新戒传授三坛大戒。此后每年春季之末，鼓山都传戒一次，成为定制。

在抓紧寺风规矩整顿的同时，虚云和尚对僧材培育也十分重视。整顿寺风初见端倪之际，为了巩固成果，对寺中青年僧众加以培养造就，虚云和尚当即主持在寺中创设学戒堂，专门为他们教授戒律，讲说僧众当具的日常仪范，客堂、斋堂以及上殿、过堂、普请等仪制与规范。过了一年，使全寺青年僧众在学戒堂学习一遍。此后不久，虚云和尚又主持把学戒堂改为“鼓山佛学院”，先后礼请宗镜、大醒、心道等高僧大德为佛学院法师。佛学院开设佛教基本知识、诸宗要义、佛教史、书法等课程。到后来，慈舟律师应请在鼓山佛学院任主讲，佛学院则又改名为法界学院，成为常年于春季招生，招生范围也有所扩大，不限于常住青年僧众，福建、江西、浙江的寺院僧众也有不少人慕名前来就学。

在抓道风寺规整顿以及培育人才的同时，得诸檀越护法的资助，虚云和尚主持对全山寺宇进行修复，重塑诸殿佛像。二三年过去，鼓山涌泉寺面貌一新，更加庄严如法。在修复寺宇之中，虚云和尚主持将念佛堂、延寿堂、佛学院等列为重点改造部位，使之采光、通风条件更好。同时，虚云和尚主持新建一栋两层楼建筑的如意寮，其结构与设施现代化程度都很高，以方便病僧的治疗和调养为前提。如意寮中配有专门的医生，施医送药；对即将往生者安排助念送之。因此，常住僧众六和共住，认真修持。

此外，虚云和尚礼请地方当局配合，对寺院山门外的各种杂摆摊子加以清理，使得寺院门外和周围更加清净庄严。

数年过去，鼓山涌泉寺在虚云和尚的主持下面貌焕然一新，道风纯正，规矩严肃，成为与江苏镇江金山寺和扬州高旻寺齐名并扬的禅门著名道场。这正是虚云和尚虔诚向佛，全心弘法，维护祖庭，以报四恩的结果。在这一过程中，虚云和尚认真奉持释迦牟尼佛的“以戒为师”的教导，振兴寺院。首先注重僧众戒律的奉持，常住规矩的制订与落实。在此之中，虚云和尚严于自责自律，率先垂范，严守毗尼，恪守规约。虽然当时已是年过九旬，但虚云和尚却上殿、过堂、参禅、普请从不间断，更不逃脱。也从不私营饮食，为僧众树立严守戒律的榜样。因而，全寺常住300余人，六和共住，认真修持，整个寺院再现祖庭雄姿。

然而，有道是“不经数番寒彻骨，哪来梅花扑鼻香。”在虚云和尚主持鼓山整肃寺规，重振道风的过程中，也并非是一帆风顺的，而是遇到了不少的阻力和干扰。晋院之初，就有数批外来僧人极为蛮横地前来寻衅，扬言要将虚云和尚赶出涌泉寺，让他们做住持。稍后，当虚云和尚刚刚着手整顿寺中规矩，清理职事，取消空名闲职时，又引起一些劣僧的仇恨和捣乱。他们公开谩骂、威胁虚云和尚，有的胡搅蛮缠，无中生有，恶意中伤；有的联合起来同虚和尚做对；有的竟丧心病狂地构设陷讲、制造事端来陷害虚云和尚。期间，虚云和尚曾一度离开鼓山去云南，竟有人去信威胁说若他再回鼓山，就将其置于死地。到后来，虚云和尚回到鼓山，几个恶僧竟纵容、唆使疯僧，拿刀去方丈室当面威胁。没多久，几个不法之徒竟肆无忌惮地放火烧毁房屋，以对抗虚云和尚。面对这一切，虚云和尚始终恪守佛门弟子宗旨，本着慈忍精神，严肃的的威仪，坚强的毅力，不屈不挠。凡事必然事必躬亲，不辞辛劳，亲自表率。对于劣僧的谩骂、打击，甚至寻衅，虚云和尚都以慈忍精神对待之，不计较，不对抗，而是晓之以理，规之以戒，言之以法，开导感悟，从中显示出宽厚慈悲的人格品德。也正是在虚云和尚高风懿行的感化下，涌泉寺常住僧众六和共住，认真修持，勤事农禅，整座寺院平安祥和，法运昌隆。