这次运动中，云门寺（即云门山大觉禅寺）也受到一些牵连。寺院里的人很复杂，来自五湖四海、四面八方。我到云门寺不到两个礼拜，镇压反革命的运动就开始了。那时全寺住着130多个出家人。县公安局把寺院团团围住，寺里每个人都是审查对象。在那次运动中，100多人被关在我们这个禅堂（指河北柏林禅寺内禅堂）还小的地方，关了48天。当然，政府要巩固新政权，对一些问题进行防范，是有必要的。但是从云门寺当时的情况来看，那次运动是有一点过份。虚云老和尚受到一定的摧残，我们作为大众，更是受到种种无礼遭遇。”对于这一情况，净慧法师进一步回忆说，“云门寺被围困的消息传到广州和北京后，中央马上派人去调解。中央的人还没到，县里就撤退了。这次运动中，云门寺确实有几个人是有问题的。这几个人经当地公安部门调查，都受到了应有的惩罚。”当时虚云和尚尽管受到不公正对待，而且自己数十年来精心撰著的《楞严经玄要》、《法华经略疏》、《遗教经注释》、《圆觉经玄义》、《心经解》等十多部手稿也遭散失，但爱国爱教之心仍旧。同年4月，中央有关部门电令彻查平反，并派巨赞法师等为代表前来慰问，称虚云和尚为“中国佛教最杰出的高僧”。后来中央和省里联合调查组前来调查情况时，虚云和尚依然能够正确对待。事后，虚云和尚又抱病主动协助政府安顿僧众，恢复寺院中正常的佛事活动。

1951年底，“抗美援朝”运动在全国开展。虚云和尚积极响应政府号召，率领云门大觉禅寺、曲江南华禅寺、韶关大鉴寺以及广州、韶关等地广大四众弟子为报国土恩、报众生恩而做出贡献，共同发心，节衣省食，把所得余资主动捐献给国家，购买“佛教号”飞机，支援中国人民志愿军赴朝参战。虚云和尚的爱国行动，不仅对佛教界，而且对其他各界人士也都产生了不小的积极影响。

新中国成立后，虚云和尚一直在考虑，为了更好地护教安僧，弘扬佛法，全国佛教徒应该加强团结，成立一个组织，以联络全国佛教四众弟子。也正是有此因缘，当时京、沪等地四众弟子不少人也都有此共识。1952年春，时任中央人民政府副主席李济深和中南行政委员会副主席陈铭枢等一批老朋友，以及北京、天津众多四众弟子先后致信虚云和尚，礼请其北上晋京，率众筹备成立全国佛教徒组织。同年3月，中央和省宗教部门也都先后派出专人前来邀请虚云和尚北上晋京。思考再三，虚云和尚认为“时机至矣。今日全国僧伽，各兢兢自守，乏人提领，如一盘散沙，”因此很有必要让全国僧伽团结起来，“成立一有力量机构”，以光大佛教事业。正是由此原因，虚云和尚从团结全国佛教徒，更好地护教弘法的需要出发，决定应请抱病北上晋京。

虚云和尚即将北上晋京的消息很快就传开了，不仅诸寺僧众，就连云门山附近几个乡民众闻讯也都来寺与之告别。4月27日，在侍者佛源、觉民、宽度、法云等以及省、县宗教部门有关人员的陪同下，虚云和尚离开云门山大觉禅寺启程北上。当时寺中僧众和不少民众自动相随送行，走了一段又一段，送出了数里之外。虚云和尚一行当天来到韶关，入住于大鉴寺，市内外四众弟子闻讯纷纷前来礼拜送行。一连几天，大鉴寺中都是人来人往，热闹非凡。5月1日，虚云和尚抱病率众参加韶关市各界群众庆祝“五一”国际劳动节大会，会后又与大家一道参加徒步庆祝游行。5月10日，虚云和尚一行离开韶关，乘粤汉铁路火车北上，次日抵达武汉，当即住进三佛寺。由于旅途劳顿，到武汉后虚云和尚的病情加重，只好在此就诊治病。治病期间，虚云和尚还抱病在三佛寺主持观音七一期，又有2千余人前来座下皈依，成为当时武汉地区的一件盛事。

经过3个多月的治疗与调养，虚云和尚的身体基本上得到恢复。9月15日，虚云和尚一行离开武汉继续北上。临别前，武汉四众弟子纷纷礼请虚云和尚合影留念。虚云和尚不辞辛劳，慈悲满愿，并题《卧病武昌三佛寺作》诗一首，有序云“幻游壬辰夏由粤之燕。至武昌，卧病黄鹤楼畔三佛寺。几殆，众请留影。今病愈，将北行，题此留念。”诗中感慨自己“业风吹起到武昌，老病驰躯累众忙。”