虚云和尚在庐山大林寺住下之后，相继到山上黄龙寺、天池寺以及山下秀峰寺、归宗寺、栖贤寺等古刹礼佛拜祖，并且专程来到坐落于庐山西北麓的东林寺。在这座世人尊为中国佛教净土宗祖庭的千年古刹里，虚云和尚首先来到净土宗始祖慧远法师塔礼拜，缅怀这位祖师的伟绩。随后，在众人的陪同下，虚云和尚观瞻了虎溪桥、三笑堂、十八高贤影堂等胜景遗迹。在看到大雄宝殿被严重毁损的情况后，虚云和尚立即教育随侍身侧的净土宗僧人释果一，要他从小茅蓬里走出来，守好这座祖师道场的一砖一瓦，比盖10座小茅蓬要强得多。当然，果一法师承教之后，经过数番曲折，到“文化大革命”结束后终于主持重振了东林寺，使之重现千年祖师道场的雄姿。这自然是后话。但虚云和尚作为近现代禅宗泰斗，却对净土宗祖庭的修复关怀备至，这对果一法师等净土宗弟子来说鼓舞很大。果一法师一直到西生之前对虚云和尚的这番教导仍然是铭记于心，经常教育自己的弟子徒嗣要记住虚云和尚的教导，禅宗、净土宗同为佛教修持法门，无高下之分。从这则史话中，我们也可以看到虚云和尚融会诸宗，共弘正法的博大胸怀。

当年，虚云和尚率众人礼拜东林寺之后，又来到与之遥遥相对的西林寺，礼拜了千佛塔(也称“砖浮图”)。而后，虚云和尚应请前往坐落在九江市区的能仁禅寺，在这座六朝古刹中，主法启建禅七一期。接着虚云和尚又登坛开讲《楞严经》，讲期7天，听众踊跃，不少人自南昌、安徽安庆、江苏扬州等地特地赶来听讲。期间，投虚云和尚座下皈依三宝者又有近千人。

当时虚云和尚入住于庐山大林寺的初衷是静住养病，但住下来之后，前来看望礼拜的四众弟子以及地方上有关方面的人士来来往往，很是嘈杂，难于清静，虚云和尚感到此处不宜久住。正在这时，虚云和尚看到《现代佛学》杂志所发表释直纯撰《开垦云居山刍议》一文，很为云居山真如禅寺在近百年来的遭遇而不安。

云居山，坐落在江西省九江市永修县西南部，系幕阜山脉之余脉，主峰达海拔1143米。在山势雄奇的顶部，有一块群峰环抱，翠色相映，宛若莲花的小平地，人称“莲花城”。唐元和年间(806～810)之初，本在云居山南麓结茅修禅的道容禅师，由司马头陀陪同寻访至此，看到这里“四周峰围，外壁立似千仞"，但其中却“坦然而一方”，“地平如掌，湖澄似境”，遂肇基立寺，初名“云居禅院”。唐中和三年(883)，曹洞宗第二世祖道膺禅师应豫章(今江西南昌)南平王钟传之邀，由庐陵(今江西吉安)转锡云居，集曹洞教义之大成，力弘“五位君臣”法旨，长达20余年之久，声名大振，法幢高树，座下徒众多达千余人，其中有自新罗(今韩国)千里而来求法的僧利严、庆猷等人。其法嗣之中有同安道丕等数十人，道丕一支辗转相传至浙江天童如净和尚，再由道元受如净之法脉而将曹洞宗传至日本。所以，直到今天日本曹洞宗信徒们仍奉云居山为曹洞宗祖庭之一。也正是道膺禅师座下法筵长盛不衰，闻名遐迩，云居禅院得唐僖宗李儇赐额“龙昌禅院”。唐天复二年(902)，道膺禅师在龙昌禅院圆寂，塔葬于此。

入宋以后，龙昌禅院禅灯更盛，德缘、智琛、清锡、道齐、契环等高僧相继执掌法席。宋大中祥符元年(1008)，宋真宗亲书飞白体“真如禅院”额赐寺，从此寺名遂改，人们也称之为“真如禅寺”，一直沿用至今。宋代之中，佛印、晓舜、自宝、克勤等高僧先后继主法席，名士苏轼、黄庭坚等也多次登山礼拜。

元末明初，战争频仍，真如禅寺迭遭兵燹。其后，又被地方豪强所夺，寺宇败破，僧人星散。成化年间(1465～1487)，高僧达观真可云游至此，看到寺中破败景象，感叹“最怜清静金仙地，返作豪门放牧场”。万历年间(1573～1620)初，曹洞宗巨匠洪断诸缘禅师发心重振云居山，历二十余年艰辛，终使这座祖庭得到恢复，也使曹洞法脉在赣中一带再度兴盛。清初，晦山戒显禅师执掌真如禅寺法席，撰《禅门锻炼说》等著作。