但清中叶之后的百余年间，真如禅寺长时间地陷于衰落之中。民国初年净尘和尚一度主持重振真如禅寺，但到抗日战争中的1939年，日本侵略军借口云居山“兹山险峻，易伏游兵”，竟然用燃烧炮弹轰炸真如禅寺，寺内诸殿宇大多被毁，就连大雄宝殿上覆盖的铁瓦都被熔化。随之，日军又入寺洗劫其他法器及佛像。从此，寺中仅余释性福、达成等4个僧人奉守香火，一直到新中国成立之初。

也就在虚云和尚为真如禅寺近百年来的遭毁坏感到痛心的时候，1953年7月的一天，释达成等受住持性福和尚的派遣，从云居山来到庐山大林寺参礼虚云和尚，详细诉说了真如禅寺自抗日战争中惨遭日寇炮火轰炸，损失殆尽，至今仍是一片荒凉破败的景况。虚云和尚听了之后，更加黯然伤之，前往一看的愿头越大。同年八月十四日(农历)，在释果一、达成等的陪同下，虚云和尚率侍者觉民等前往云居山礼祖，并实地了解山中情况。一上山，只见这座千年祖师最胜道场，仅存破旧大寮3间，其余殿堂楼阁都墙倒房塌，瓦砾满院，荒草遍地，高没人膝，时有野兔一类从中窜出。明代皇太后所赐铜铸渗金毗卢遮那大佛像，兀坐于荒烟蔓草之中。目睹如此景况，虚云和尚心情格外沉重，思量自己作为佛门弟子，义不容辞当承担恢复重振云居山祖庭的重任，即在毗卢遮那大佛像前上香进礼，发愿以毕生之力实践重振之举，并赋《登山有感》诗一首，以抒情怀，诗云：

紫柏曾嗟放牧场，四朝更化倍悲凉。

梵天血溅眉间剑，活国心仪肘后方。

奏雅曲终秋月白，谈禅直指暮山苍。

草深三尺金身露，五老峰头挂夕阳。

此诗首句点化于明代高僧达观真可禅师《游云居怀古》诗中所云“最怜清净金仙地，返作豪门放牧场”之句。真可禅师号紫柏老人，明嘉靖年间(1522～1566)末云游来到云居山，看到这座千年祖师清净道场，竟被附近豪强霸占沦为放牧之场，愤而写下此诗。虚云和尚则借之愤慨日寇侵略行径的残暴，造成云居山道场所蒙受的损毁罄竹难书，景况倍加悲凉。然而，想到自己作为佛门弟子特别是禅宗法嗣，恢复重振祖师道场任重而道远。虽然自己已是百余岁高龄，但夕阳之热仍可贡献，所以到最后以“五老峰头挂夕阳”作结。此句初看为写景，五老峰即云居山之主峰，真如禅寺坐落在其东南麓。然而我们从中不难体会到虚云和尚在此所抒发的为重振祖庭，以百余岁高龄之躯，不避艰辛，鞠躬尽瘁，死而后已的豪情大愿。

二、力排众难，复燃祖师道场香火

如果说，当年虚云和尚以百余岁高龄克服种种困难，率众于荒草荆丛中恢复重建了云居山真如禅寺千年祖师道场是成功的，那么其成功之处重要的一条，就是在艰苦困难的条件下保证了数百人次常住的正常佛教生活。所谓正常佛教生活应当从两方面理解，一方面是能够正常的进行佛事宗教活动，另一方面则是对每位僧伽的物资生活提供了保障。应当说，这一成功是与虚云和尚虔诚向佛、全心弘法的大愿与克服困难，创造条件的努力分不开的。

已故果一法师生前曾回忆，就在虚云和尚发大愿重振云居山千年祖师道场之时，也是考虑到了其后必然会遇到种种困难的，但他以护教弘法为己任，大愿一发，就竭尽全力酬践之。而在此之中，虚云和尚尤其注重安僧。他知道僧团是由僧众所组成。若僧众不安，那恢复云居山千年祖师道场的大愿就难以实现。因此，就在当年登山移锡之日，虚云和尚虽然已经是114岁老人了，却仍同大家一道顶寒风，冒着细雨，徒步在崎岖的羊肠小道中走了数十里。当他们来到云居山真如禅寺仅存的破旧大寮中时，虚云和尚与众人一样浑身湿透。虚云和尚这种与众人同甘共苦的自觉行动对于僧众说来，就是一种最有力的教育，也是使大家能在云居山极为艰巨条件下住下来的最好安定剂。

虚云和尚众移锡云居山的当天晚上，就遵照历代祖师遗留下来的丛林规制，召集全体僧众共同商议，礼请常住职事。此间，虚云和尚首先对释性福等人数十年来含辛茹苦，奉守云居道场香火表示钦佩。接着，与众人共同礼请释性福为住持，释直纯为监院(未任)，释果一为副寺，从而恢复重组了云居山真如禅寺的僧团组织，也为日后进一步恢复重建云居山真如禅寺千年祖师道场奠定了较为扎实的基础。