在教导学人于佛法修持历程中，要发长远心、坚固心、勇猛心、惭愧心、忏悔心的同时，虚云和尚还时时告诫他们要发菩提心。1952年冬在上海禅七开示中，虚云和尚多次引用《楞严经·观世音菩萨圆通章》所说“……我于彼佛发菩提心，彼佛教我从闻思修，入三摩地”来教诲大众，只要“菩提种子处处下生，美善的果实时时有收获”。反复强调“常发菩提心，则可与道念相应，亦可立地成佛”。在虚云和尚的信念中，要想得到佛法修持的圆满利益，发菩提心很为重要，保持菩提心则更加重要。晚年，虚云和尚曾引用祖师的教导“假使热铁轮于我顶上旋，终不以此苦退失菩提”来劝导大众。由此可见，发菩提心对于佛法修持者说来是何等重要。

菩提心，全称阿耨多罗三藐三菩提心，也称无上正真道意、无上菩提心、无上道心。佛教历代祖师素以菩提心为一切诸佛的种子，净法长养的良田。若发起菩提心并坚持勤行精进，当得速成无上菩提。因此，菩提心乃一切正愿之始，菩提的根本、大悲及菩萨学之所依。这则如《菩提心义经》所称“菩提之心，成佛之本”。《密严经》也说“善男子，菩提心者如一切佛法种子，能长养一切众生种种自法犹如田地，能圆满一切意乐犹如宝瓶，能摧烦恼敌犹如戈矛。”《华严经》中还特别强调，若“忘失菩提心，修诸善法，是名魔业。"正是这样，历代祖师无不重视发菩提心的功德。《大集经·海慧菩萨品》有云“若能发菩提心，是则能胜一切乘，能净一切众生心，亦能演说无上道。”所以，虚云和尚秉承历代祖师的教导，结合自己百余年的修持体验，突出地要求学人要发菩提心，才可以得到修持的圆满利益。

至于怎样发菩提心，虚云和尚主张遵照《金刚经》所说：“善男子、善女人，发阿耨多罗三藐三菩提心。应如是住，如是降伏其心。”虚云和尚认为“所谓降者，就是禁止的意思，使心不走作就是降伏其心。”具体说来，虚云和尚主张“还是把习气扫清，就能降伏其心。行住坐卧，动静闲忙，不生心动念，就是降伏其心。”只有这样，修持者的心才能放得下，恒持平常，不打无明，“自见本性清静，随缘自在”。修持方向明确，行进道路对头，扫清习气勇猛，持之以久，便能得到圆满的利益。

在百余年的修持与弘法实践中，虚云和尚一再教导学人要发长远心、坚固心、勇猛心、惭愧心、忏悔心与菩提心，同时也反复告诫他们要把握住各人其心，千万不可生是非之心、生死心与虚妄心，一定要制服邪心。只有这样，才能在佛法修持的正途上前进。

1952年底在上海禅七开示中，虚云和尚语重心长地告诫众人，每一个佛法修持者“假如把世情看得淡淡的，一切亲友怨家视为平等，不杀、不盗、不邪淫、不妄语、不饮酒，视一切众生平等无二，视人饥如己饥，视人溺如己溺”。那么，则可以常发菩提心。虚云和尚认为要真正做到这样，就“……切莫要生是非之心，起人我之别”。否则的话，就总是陷于“贪染财色名利、嗔恚斗争”之中，“一天到晚，喜怒哀乐，贪爱富贵荣华，种种世情不断，道念一点没有”，以致“功德林被凋残，菩提种被烧尽”，那就麻烦了，不但正果修不成，生死脱不了，严重地还免不了坠入地狱鬼畜之道，就十分可悲了。

在对学人开示中，虚云和尚除告诫他们不要生是非之心，还反复劝导他们不可有散乱心、生死心与虚妄心。面对纷繁复杂的尘俗社会，人生在世的数十年中，由于所处的社会环境与地位的不同、职业的相异等情况，虚云和尚认为尽管如此，但尘俗社会中的人多是“苦不堪言”的，“有钱的人，或贪酒色财气；无钱的人，都被衣食住行而劳碌奔波。”大家都很难有一清闲自在的，这正如佛陀所说人生皆苦，然而就在这些每日都苦不堪言的芸芸众生中，有一些“过去生中有甚深善根”的人，他们偶尔来到佛寺之中，见此寂静庄严的梵刹心生欢喜；瞻仰端庄慈祥的佛菩萨圣像而随口诵佛号，或是身处清静之境，烦恼渐少，心净而肃然起敬。这样的人由此而渐臻于觉悟心与清静心，就有了成佛的菩提种子。