禅七的最后三个月在寂静中很快过去，结了禅七后，法师步出禅堂，他的心境平静极了，吃饭穿衣或者劳动作务，或者行走在街市中，就像仍在禅堂中一样清净，丝毫不受环境的扰动。当时了解他的人，都认为有些奇特。

江南一带的禅宗道场，自经云谷法师的提倡，才开始兴盛起来。但僧众中修习禅宗的不多，提倡和发扬禅宗法门的就更少了。惟有憨山法师承云谷法师之旨，力究向上一著。而且，当时寺院里的僧人服装，大都随世俗的习惯，喜欢穿色彩艳丽的，法师不迎合世俗的见解，根据戒律上的要求和古德们的训诫，只寻了一件衲衣披了起来，人们见了都说这和尚有些怪僻。

第二年，法师廿一岁。在二月廿八日的中午，天下起了倾盆大雨，忽然一声巨雷从塔顶而下，塔殿里顿时燃起了熊熊烈火，片刻之间就烧焚了大雄宝殿。火一直烧到傍晚时分，一百四十多间的殿堂和画廊，几乎都化为灰烬。少师祖将此情况上奏朝廷，皇上认为没有及时扑灭大火，应由寺院负其责任。于是降罪下来，逮捕了少师祖等十八人，住在寺中的僧人恐受株连，纷纷离去，留下的一些执事僧再也无人商议事务了。在这大宇将倾的关键时刻，憨山法师挺身而出，毅然承担了寺皖中的一切事务，并且尽力解救厄难。他亲自身背饭菜送到牢狱中供给被捕的人。为了救他们出狱，不管寺院到刑部有二十里之遥，来回奔波了三个月，才使他们免于死罪。

当时有一位雪浪法师，年龄比憨山法师大一岁。他俩都依止无极法师，而且性格和观点都极相似，亲密得如同胞兄弟一样。一天，法师和他谈起复兴寺院时说：“要复兴这座规模宏大的寺院，若不具备大福德、大智慧，是不容易成功的。我们应该拼命修行，静养道德，以等待时机的到来。”雪浪法师十分赞同，也发誓重兴寺院。

不久，少师祖又逝世了，从此西林和尚的遗业再也无人支撑。因西林和尚平素没有储蓄，丧事的一切费用，都是借贷来的，所以欠了许多债。如拿寺产抵偿，势必使江南名刹毁于一旦。这时法师想起了西林和尚的遗嘱，决心保护寺产。他想方设法偿还了所有借贷，又用一部分资金来维持寺院里的生活，这才使报恩寺保存了下来。

这年冬天，憨山法师到天界寺听无极法师讲解《法华经》。因为立志行脚参学，所以在听经期间，经常留意在僧众中寻找戒行优秀的作为伴侣，可是过了很久，竟未能寻得一位理想的同道。

一日，法师上净房（即厕所），看见后架非常清洁，想这净头（打扫厕所的僧人）必非寻常之人，于是到客房里去访问。见到时却是一位黄肿病人，便更觉奇怪。

法师每天早上起来上净房，总见早已打扫得干干净净，也不知是何时打扫的。法师想探个究竟，便在一个晚上功课结束后，在经行的走廊下暗暗窥察净头。见他在众人放参时，即已把净房收拾完毕了。又过了几日，法师见净房不再清洁，也不见净头出来，一问执事僧，才知道净头在客房里病倒了。法师即去看望他，见病势严重，关心地问：“师父！你身体觉得怎么样了，身心还安定吧？”净头回答说：“身体被业障缠缚得已难以放下了！尤其是贪吃的念头更令人难以忍受。”法师问他为什么会这样。他说：“我看见大家过斋，恨不能把吃斋的念头也一齐放下！”法师笑着说：“这是久病思食啊。”从这次接触后，法师知道此人是真实修行的，因此回去料理了一些果饼去供养他，并问他称什么法号。那净头答道：我俗姓续，是春秋续鞠居的后代，家住蒲州，现在法号是“妙峰”。法师即与他相约结伴行脚参学，妙峰法师欣然同意，并对法师说：“师父有这志愿，行脚时我愿替你背荷草鞋，住山时我愿供给你柴水。”不久，妙峰法师病愈了，法师再去看望时，早已不知去向。法师知道他因参禅的大事未了，怕受连累，因此潜行而去。