第二天，法师随二亲去祭祖茔，又去卜择二亲的葬穴，这时老父亲已八十岁了，法师开玩笑说：“今日活埋老子，省得他日再来！”并把铲斫在地上，老母亲见了一把夺过铲说：“老婆婆自埋，又何必烦别人来！”连斫了数十下。第三天，法师向二亲告别，老母亲欢喜如故，未尝蹙眉，法师知道老母亲并非寻常之人。

有一位黄子光，是当时大司马的弟弟。法师到牢山后不久，年龄还只十九岁时，就已在法师前皈依请益。法师授以《楞严经》，二个月即能背诵。从此茹素勤修，尽管父母反对，也不改变修行的决心。他平日用功，切志于参究明心，常常肋不至席，坐禅达旦。一次法师到南方去，黄子光心中暗想：“我生在边地，长期不闻三宝之名，今天幸遇大善知识，倘使法师不回来，我们就失去依靠了！”于是就在观音菩萨前，刺臂燃灯供养菩萨，求观音菩萨加被法师早日归来。燃臂之后，火疮发痛，可他仍然日夜正襟危坐，持念观音菩萨圣号。这样过了三个月，火疮才痊愈。但在臂的疮痕上却结了一尊观音菩萨的形像，眉目身衣，宛然如画。法师回来后，他求出家的心很切，但法师始终不同意。第二年黄子光坐脱而去。

法师在这几十年的修行历程中，时刻不忘重兴报恩寺，以前居五台龙门时，虽已有机会，但因需要费用太巨，未能行动，到东海牢山时，也时刻在等待时机。现在，法师认为机缘已熟，因此就以送藏经的因缘到了京都，将报恩寺的始末奏上太后，并且说：“工程浩大，需要经费很巨，难于轻举，愿乞圣母每日减少膳馐费用百两，这样积累三年，工程即可开工，积累十年，工程即能完成了。”太后听了十分高兴，这年十二月就开始积储经费。

万历十八年的春天，法师书写《法华经》，表示感谢太后的德意。在这期间，有一伙人策划破坏道场。他们购买了方外的黄冠道袍，假称法师占了他们的道院。并还聚集许多人，诤讼到抚院。当时的开府李公，了解了事件的真相后，非常痛恨这伙无赖之徒，就把他们送到莱州府治罪。法师也去莱州府听察，并尽力替他们解救。可那数百名无赖不知法师的慈悲，依旧在府城里作哄闹事，并围着法师不去。法师见状，让身边的侍者到别处去，独自一人徐徐而行。

到了城外，这伙无赖的首领，持刀在法师前挥舞，欲想杀死法师。法师镇定地看着他，笑了笑说：“你杀了我，怎样处理自己呢？”这首领听了法师的话，一时感到心虚，即刻收了刀，随同法师到了城外约二里地。将要分路时，无赖们认为首领对法师有利，想动手殴打他。法师心中暗想：“他们要是一鼓动，这首领就有危险了。怎么办呢？”法师干脆拉着首领同至寓处，关了门，脱了外衣，法师又摆出瓜果招待他。二人边吃边谈，首领完全被法师感化了。这时，满市喧哗着这样一片声音：“方士杀僧了！”太守听到了这一消息，就派遣了府役把无赖捕了起来，无赖们惶惧地叩头求免。法师就对无赖们说：“你们不要怕，待我去说说看。”法师到了太守前，太守问：“狂徒要杀你吗？”法师说：“没有，府役来追捕时，我正和他们的首领在吃瓜果呢！”太守又问：“那他们又为什么闹事呢？”法师答道：“他们只不过是一般性的市集喧闹而已。”太守想把他们拘留起来，法师说：“应把他们放掉，如果用枷锁把他们拘起来，等于把恶人常放在身边，这是没有好处的。”太守听法师这么一说，忽然醒悟，立即下令叫地方官兵把他们驱散，狂徒不到三日，全部解散。这样，狂徒闹事的事就安宁下去了。

这年，法师还写了一本《观老庄影响论》共八篇，其中论心法一篇文字虽最短，但却已概括了儒释道三教的中心思想。论心法中说：“我幼年学习孔教，但不知孔教的源流；后来学习老庄学说，也不达老庄学说的宗旨。当退出世务，进入深山大泽时，努力于习静观心的法门。因为习静观心的功能，明白了三界唯心，万法唯识的深妙道理，既然三界万法都是心与识的幻现，那么一切有形相的事物都是心的幻影；一切声音语言，都是心的幻响。而一切圣人身体，是心的幻影中显现最庄严的形相，圣人的言教，是心的幻响中最顺于真理的声音。