第二年春，《楞伽笔记》刻成，法师为弟子讲了一遍后，印了一百多部，遍送海内外佛教界的善知识和护法宰官。

广东风俗好杀，到了中元节，家家都要杀牲口祭先辈。这时节，市场上牲口堆积如山，真是惨不忍睹。法师此时建了盂兰盆会，又讲解了《孝衡钞》，劝大家斋僧、放生，用蔬食祭先辈，听从的人很多。从此凡遇丧祭大事，父母寿日，或者祈禳，或者拜忏，都放生素斋，后来还成立了放生会。佛法的慈悲救世精神，在法师的倡导下，逐渐在这里生根发芽。

万历二十八年，权使初出朝廷，横行于民间，加上日本入侵，人心惶惶不安。法师见局势不便于弘法活动，即分散了弟子们，独自闭关绝迹，深藏以避扰乱。

会城一带因荒年而粮食不足，常从福建用白艚运米，时值地方混乱，大家只恐商人乘机提价，百姓都为此事担心。

会城大将军的公子即将外出，停船在海边，这时凑巧有几只白艚也停在公子船旁。税吏早已蓄谋打击大将军，便借口这几只白艚是大将军为公子送行的，集合几千个市民，投掷砖石，打破了公子的船只。他们又围住帅府，持刀相逼，情况十分危急。这时正巧三司府县的官员都赴端州行节礼去了，会城没有一个正官，如果再无人解救，危险就在呼吸了。

大将军无法解围，即派中军到法师关前求解，法师不答应，说：“我并没有什么神术。”中军跪下哭泣说：“法师即使不考虑兵主的安危，难道就不考虑地方生灵的死活吗？”法师听他这么一说，心中不禁惕然，即刻起身到税吏处，从容劝化，开晓其意。税吏听法师一劝，果然明白了道理，愿意去招安百姓，解散乱民。这时，法师先来到乱民前说：“你们今天所要求的，无非是想吃价格便宜的米，但如果今天犯了大法，就会有杀头的危险，即使有了价格便宜的米，谁来吃呢？”乱民听了都觉愕然，顷刻之间，帅府之围即解开了，父老们都十分感激法师。

这时三司官员正在军门吃饭，听说市民作乱，都放下碗筷，一齐赶到会城，见乱民已散，心里才松了一口气。

秋天，南韶观察使祝惺存，请法师入曹溪祖庭，法师乘兴而入，看见四方流棍集于山门，打赌的，开酒食店的，无所不有，环境被搞得非常秽污。这积弊己有百年之久了。更可叹的是，坟墓占了祖山，僧产多被侵占，并且寺中恶僧勾合外棍挟骗寺产，寺中僧人没有一个敢正视现状。法师不禁叹息说：“这是心腹之患啊！假使不除去，那六祖的道场终将化为狐窟，永远不可药救了。怎么办呢？我即使住在这里又有何用？”法师考虑了半天，只得去告诉戴制台，戴说：“这事好办，我试为法师去做。”即下令本县坐守，限三天内把流棍全部驱逐，不留一人，拆除店铺，不存片瓦。从此，曹溪山门的积垢如洗，又恢复了往日的清净。

戴制台留法师过斋，谈话间制台说：“六祖道场的腥膻，我已为法师洗净了，目前地方生灵涂炭，大菩萨有何慈悲之法来救济呢？”法师问：“这是什么意思？”制台说：“这一带海上有一伙强盗，他们拥有采珠船千艘。近来钦差奉旨采珠，又资助了他们的势力。采珠结束后，他们横行于海上，到处劫掠，这是第一。第二是地方开矿，朝廷采役横暴乱来，挖掘坟墓，破坏百姓的财产，百姓处处遭受毒害，这比强盗的劫掠更残酷，有上述这二害，所以百姓不能安宁地生活，请问法师如何处置呢？”法师回答说：“此事不容易，慢慢地再想办法吧！”

朝廷派来的李采矿使，对佛教颇有信心，这年秋天他到曹溪进香，在山住了好几天，法师对他开示了佛法，他听了非常高兴。法师劝他做重兴祖庭的布金檀越，他慨然独力承担。法师又暗中对他说：“开采矿山对地方百姓损害很大，这大概不是皇上的本意吧？请你把采矿的船只约束以期限，往来超过期限的就处以罪，矿一采完，应尽快地撤除差役，使他们无害于百姓，可以吗？”李采使听了唯唯应诺。回去之后就力行约束，从此山海地方就安宁下来。