法师飘然出门到按院听理，但因在芙蓉江病了二年，到了第三年七月才到郡县。这时“直指按部”也到郡访法师，因司理听信奸僧的诬告，欲加罪于法师，“直指按部”出来反驳说：“法师大有功于六祖，他舍去了自己的一切来振兴祖庭，现在奸僧反而得利，这难道是平等法门吗？”司理只得下放本府严究。本府到了曹溪，调查了实际情况，了解到法师对常住财物丝毫无犯，本府重怒奸僧，要不是法师的解救，难免一死。

本府见法师如此高洁，再三请法师留住山中，但法师对修建丛林之事已生厌倦，因此力辞。法师把禅堂交付弟子怀遇掌管之后，自己一人飘然长往了。

法师离曹溪时有付弟子诗十绝，录三首如下：

福田种子要深栽，因果如临明镜台。
　  亲到宝山千万次，这回不可又空回。

功德园林不可轻，脚跟步步要分明。
　  莫教错落随他去，免使盲人又夜行。

少小能存向上心，毫芒终长到千寻。
　  只须历尽冰霜苦，姑得成材出郭林。

法师到南岳时有留给岭南弟子诗十绝，录四首如下：

底事分明在己躬，不须向外问穷通。
　　但能触处回光照，莫被尘劳困主公。

大道从来绝本真，多因分别强疏亲。
　　直须看破娘生面，方是尘中特达人。

尘劳浪迹久和光，只为拈提此事忙。
　　千尺钓竿几斫尽，海天回首更茫茫。

为法宁辞道路赊？岂云瘴海是天涯。
　　频将一点曹溪水，灌溉西来五叶花。

十七、在匆忙的弘法中

万历三十九年，法师在端州鼎湖山养疴。有许多儒生相依请教，法师便写了一篇《大学决疑》。

第二年法师转住五羊长春庵，对弟子讲解《大乘起信论》、《八识规矩颂》、《百法明门论》等。又因以前所著的《法华击节》文义联络不分，学者难以领会。于是又写了一部《法华品节》。

万历四十年，法师在长春庵结夏，对弟子讲解《圆觉经》。经文刚讲至一半，突然发了严重的背疽，请来医生也治不愈，生命极其危险，五羊大将军准备为法师安排后事，正在这时，来了一位本地土医，一见法师的背疽便说：‘很危险了，再过一会儿就没救了！’他立刻到山采了草药，捣碎敷上，随即奏效，到了冬天就完全恢复了。背疽好后，法师写了一篇文章感谢他。法师这时发背疽和四十八年前初坐禅一样，同是宿业怨债，虽然在这四十八年中常有发生，但都随祷而止，而这一次却算是最后偿还怨债了。

次年，法师离开长春庵到衡阳去，在大善寺为众僧说戒。冯元成居士替法师造昙华精舍，作弘法道场。这时太后逝世，法师在此建报恩道场，才开始脱去俗装，穿还僧服。

法师在东海时曾立意写《楞严通议》，因一直无暇写作，到这年五月动笔，五十日稿成，适法师高足悟心、颛愚来看望，法师即作诗赠之：

送悟心融首座还京口

空山拟伴老余年，何意东归上法船。
　　好待海门孤月上，话头一为老僧圆。

讯颛愚衡公病

四大久观如泡影，病魔何处可潜踪。
　　古人自有安闲法，只在无生一念中。

万历四十三年（1615），法师七十岁，这年春天，法师为大众讲解《楞严通议》。四月，法师著《法华通议》，因为《击节》和《品节》都未能融贯法华全文，因此又作通议来补充其疏略。接着法师又讲解了《大乘起信论》及写《起信论略疏》。

第二年，正是达观法师逝世的十二周年，法师难忘法门友谊，一直想亲自去吊唁。至四月，法师离湖东，端午节又到武昌礼大佛。游九峰山礼无念禅师塔。六月到了浔阳，游东林寺，写怀古诗。登上庐山吊彻空禅师塔。夏天在金竹坪避暑，在此写了《肇论注》。庐山的幽胜环境，使法师产生了在此归隐之意，于是游览了全山胜景，一路来随缘弘法。七月，游归宗，登金轮峰，礼舍利塔，又在这里留下一些诗篇。