1943年，在往返绵竹讲经的途中，曾两次应彭县人士之请，讲经于龙兴寺。因修塔之宿愿未了，在讲法圆满后，与彭县当地人士再商重修龙兴寺佛塔的事情。因为修佛舍利宝塔的事情很大，要靠全川和全国信众力量，于是在11月初二，能海上师和法光老和尚等率诸山长老及四众，设坛宣誓于文殊院。当时幡盖铃铎，香花酥灯，有种种供养，由能海上师讲述修塔的因缘。

上师告诉信众说，我们造塔是为了不忘记佛陀教诲。智者大师说过塔是“实相之境，法身所依处也”。塔能够体现佛的法身，因为它既藏着佛陀生身舍利，又藏佛陀法身舍利（经卷），与佛像、佛经有相同的地位。所以我们建塔建庙是万善之一，建塔建庙是功、是善行，故有德。所以建庙建塔是功德。我们造塔会获得十种殊胜功德：1、不生于边国；2、不受贫困；3、不得愚痴邪见之身；4、可得十六大国之王位；5、寿命长远：6、可得金刚那罗延力：7、可得无比广大之福德；8、得蒙诸佛菩萨之慈悲；9、具足三明六通八解脱；10、得往生十方净土。闻者欢喜，都发大心，成立“重建益州龙兴舍利宝塔筹备委员会”，订立建塔方案，并作缘起及誓愿。这年年底，龙兴塔仅存的一瓣竟放光3日，人皆称异。

1944年春，能海土师在龙兴寺安居。按照筹委会的建议，先建龙兴寺舍利室塔模型塔，其样式参照印度加尔各达菩提道场舍利塔的形状来做。于是上师自建砖窑，带领僧众参加制砖，兼督窑工烧制。其塔整体结构为，正中一大塔，四角各一小塔，先监制木刻模型，高一丈多。并兴修模型塔，高20多米。同时在安居中讲《生起次第》、《定道资粮》及《圆次大要》。并译出布登大宝论师集造《佛塔修造供养功德义利分别集经》。然而该模型塔正式奠基起塔是在1948年农历8月8日，到1949年底基本落成，成都解放前夕，最后安上了塔顶。

1985年，能海上师的弟子又对模型塔进行了装修完善，于1986年全部落成。该塔为金刚堂座式塔，塔基为正方形，主塔居正中。高21.4米；小塔高10.44米，分立四角。主塔和塔基的塔穴中装满密封的陶瓷坛，坛盖铭文有“模型塔”3字，内藏经书、五谷、五金与零星珠宝等。塔身上共有844个塔窟，塔窟从塔顶而下，逐渐增大，外嵌玻璃，内装佛像。五座塔的塔顶均安置有塔刹。主塔正面刻有中国佛教协会会长赵朴初题书的《龙兴寺舍利宝塔》6个金字。新建的塔门两侧墙上，还刻有班禅额尔德尼用藏、汉文题写的“南无吉祥释迦牟尼佛”之字。该塔雄伟，造型奇持，工艺精湛，别具一格。

然而能海上师在原基础上重建龙兴舍利宝塔的宏愿，因种种原因而没能最终实现。90年代初，四川佛门高僧宽霖、清定、遍能、隆莲等法师再次倡议，发心募捐筹资重建龙兴舍利宝塔，在各级政府部门各方信众及各界人士的支持下，由四川清定、济尘、通定等法师主持修造。于1994年4月19日（农历3月初9）奠基动工，1998年底全部竣工。

重建后的龙兴舍利宝塔，出地面有81米之高，是目前东南亚最高的金刚舍利宝塔。主塔18层，四隅塔高27米。塔分塔座、塔身、塔顶3部分，塔座为30米见方的正方形，高3米，用黄、红色花岗石贴面。全塔龛供铜铸、玉雕佛像1080尊，塔顶为铜质鎏金。主塔空心，内有展室5层，室宽8.4米，高4.5米，展出释迦牟尼佛传略及佛教书、画、图器等法物，其余内为楼梯间，可由底层直登373步至塔顶63米处观光平台，俯视天府胜景。塔基地宫和塔顶藏经室分别遵佛规如法如仪装藏经典、像图、五金、法器、五谷、五药、衣具、袍等法物76箱。新龙兴寺舍利宝塔的建成，终于圆了能海上师的心愿。