1950年，在北京西黄寺办麻尼法会，第2年8月，应陈铭枢等之情，赴武汉讲《菩提道次第》。1952年秋，到上海金刚道场讲《普贤行愿品》。同年12月初，赴维也纳参加世界和平会议后回到上海，继续在金刚道场讲经3个月。翌年10月，去五台山清凉桥吉祥寺讲《四分律根本阿含颂》。1954年在北京居士林讲《普贤行愿品》。同年11月，回五台山清凉桥继续讲《四分律根本阿含颂》。1955年7月，去上海金刚道场，开讲《菩提道次第》。翌年9月初，在北京参加接待国际佛教僧侣代表团。11月，回清凉桥讲《现观庄严论》。此后即长住五台山，到圆寂时止。

纵观能海上师一生显密兼弘，以藏密和戒律为重点，从他的讲经活动中，可看出他对佛教事业的虔诚奉献，以及能海上师的佛学思想。

能海上师的佛学思想，初步归纳起来有以下4个方面：

1、提倡戒学重视修行次第

能海上师认为，宗喀巴振兴西藏佛法的最大成就，就是复兴戒学与建立修行次第。在他看来，要使内地佛法兴盛，密教也能得到弘传，必须效法宗喀巴。因此，他从西藏学密归来，即大力提倡戒学。他主张戒定慧三学，均应修习，但应该以戒学为基础，由戒生定，由定发慧，认为这才是修行的次第。他曾说：“戒、定、慧、解脱、知见，五者之中，尤先要戒德成就。欲于五浊恶世，施设定慧，必先具戒律。否则如袒露而入棘刺之中，不求出离故痛苦，求出离更痛苦。”他还进一步指出：“密法本来在戒律中，戒律即是密传，故应结合而修也。大乘成为密戒根本，密戒是大乘成方便、二者尤不可分。”(《上师无上供养法讲记》)他要求出家人荷担如来家业，必须戒行无亏。

鉴于当时僧团内部有人戒行不严，有伤佛门清规，因而他提出要重振僧纲。重振僧纲，就要严行戒律，因此他在讲经说法时，一般都是先讲戒律，后讲经论。当他赴藏求法归来，1936年第一次在五台山安居时，即开讲《四分律》。以后又多次讲解戒律。直到1963年最后一次居于五台山清凉桥时，曾辞去一切会议，专门对照《辨识阿含》与《根本阿含》，广讲《四分律》原文。在讲解戒律时，发挥得淋漓尽致。如将“戒”解释为持戈防卫之兵；依戒防心，久习纯熟，就能止恶修善。他不但重视戒学，译述了多种有关戒律的著作，到处讲解，而且身体力行，一丝不苟。他常说：“某大戒不敢犯，细戒不能言能持，独此信戒之心，可质诸鬼神而无愧。”他一生所主持的僧团，都以戒律为准，以身作则，深得僧俗群众的称赞。

2、显密兼通师承禅密两宗

中国佛教，自隋唐以来，即宗派林立，各立门户。特别是显教和密教，门户之见更深。但能海上师没有为这种偏见所束缚。他初从天宝寺佛源老和尚处学习显教经典，得其临济正宗第44代嫡传法统，即开始弘法传教活动。但他不以此为满足，又立志探求密教的奥秘，于是2次赴藏学法，尽得宗喀巴大师教下第28代康萨仁波切传承的完整密法，为传大威德无上密乘法统的第29代祖师。从此以后，他对汉藏佛法，显密两教，融会贯通，逐步形成了自己独特的佛教风格。他将西藏密教的教理修法介绍到内地，建立行持道场，摄持僧团。对于其他宗派的经教，他也本着虚心求真的精神和综合研究的方法，加以融通，意在真正体会释迦佛教精义之所在。大乘小乘兼学，显教密教融通，这是能海上师佛学思想的特点之一。