平常他常常勉励僧俗弟子说：“如来在世，以佛为师；如来灭后，以戒为师。”一生主持僧团，多是遵守戒制，身教在先。他在讲经前，必先讲戒。

在近慈寺，他还规定，除监院办事僧外，一切僧人不准擅自到居士家，这已成为四众弟子共同遵守的宗风。四众弟子都能自觉遵守佛制，互尊互敬，组成了上座爱护下座，下座尊敬上座，相互敬爱，六和相亲的僧团。晚间僧众多有修观的、背书的、经行持咒的和礼佛的，大家一心修学无懈，从未发生过不团结的事。能海上师讲戒时反复讲：“僧团依戒如法和合即是正法住世，僧团不合即是法灭的象证。”由于近慈寺学风的严谨，来学法的人越来越多。

“不扬己德，不说是非”。《杂阿含》中有说：“佛告那提迦，莫以利我，我不求利，莫以称我，我不求称。”能海上师从不宣扬自己的功德，说他人的是非。在讲经说法的时候，有时讲到不正见解和有违佛制的事，总是泛指。当时成都有个居土办《佛化新闻》，想刊登一些能海上师弘法的功德事迹。上师知道后对他说：“能海上师有什么过失，尽管刊登，你认为是功德的概不准登。”抗战胜利后，成都居土组办了一个刊物，专门报道近慈寺和上师弘法的业绩，后来被上师制止了。

能海上师规定：凡近慈寺僧人出外住他寺庙，一律不得向人称扬师德，必须遵守他寺规矩，不得别众特殊，不准说别人过失。他常说：“哪有自己称颂自己的？别人怎么说，我们无法干涉，但绝不能自赞毁他。”讲比丘戒时常说：“戒是对自己的，不能用戒律去看别人的过失，修行有所证得也得隐藏，要有忍力，不能自露，否则就无功德，易堕五邪命。”近慈寺每年安居圆满，依佛所制有一月假期，称为“迦提月”，可以出外行游，但沙弥年幼不得单独外出。凡未回庙回家的沙弥，能海上师就派管堂师分头带出去行游。常浩法师每次带沙弥出去前，都要去见上师，上师总要对沙弥说：“不管到哪个寺庙，都要遵守规矩，要尊重比丘上座，不要别众特殊，多看别人的功德，不说他人过失，不宣扬近慈寺和自师之德。”

1945年的迦提月，常浩法师带10多个沙弥，从成都、灌县到青城山，再到崇庆县的上古寺，正巧遇到上师在古寺。他看到上师念经放朵马都在寺外林子的一个亭中。因为古寺不是密宗的道场。上师特别尊重丛林规矩，别的寺庙请讲经，不另设密坛，所收供养除供僧外全部交给该寺，从不带回近慈寺。能海上师常对弟子说：“寺庙丛林规矩乃祖师制定，经久则成一寺之宗风，若破坏他规，必损其寺，使他无章接引后学。按别解脱戒，一是重罪制戒，一是避免讥嫌，不损他人利益。”

“善巧施教，学修并重”。能海上师在外讲经常有数千听众，深入浅出使各种根性不同的听众都能听懂，理解法义，生欢喜敬仰的信心。他在近慈寺讲经则多偏重于法相教理，但亦能使听者各得其解。常常都有不少听众说：“上师好像知道我的心一样，是针对我的烦恼病说的。”对一般学者或大学生则主要偏重在理论，但亦能使听者信服。

1949年从西藏回川的密悟格西在文殊院和近慈寺听能海上师讲经后，称赞上师说：“法师若无深修实证，决无有如此善巧说法。”上师特别重视法相和文学的学习，除自讲法相理论外，1944年还请遍能法师讲《俱舍论》，1948年隆果法师从西藏回来，译讲福称大师的《现观庄严论大疏》。译经院建立，学藏文法相，请扎萨喇嘛主持，隆果法师教《度惹》（初学辩论课本），沙弥由仁明法师、仁修法师教文学，慈青法师教藏文，年轻比丘由李晓元居士教古文。还规定年轻比丘和沙弥读《俱舍》、《现观》等法相论著。

1953年到五台山，上师叫常浩法师等4人住善财洞、依扎萨喇嘛学藏文法相教理。上师特别提倡多闻，常用广律中佛称弟子为“多闻圣弟子”来鼓励大家要多闻。时常说：“学法相要认真研究，但又不能被法相所束缚，重在观修运用，否则对大众讲经就会使人不懂睡大觉。”1955年能海上师在五台山讲《现证庄严论》时，他叫常浩法师讲一段文，常浩依法相谈了一阵，上师说：“谁叫你讲这些，这在书上都说了，谁都能看，还要你说，是要你谈谈深处密意如何观修。”常浩法师突然明白了上师的意思：学是为了观修，不是为学而学及学而不修的教诲。学戒也是为了观修，上师集的《比丘戒广颂》，每条戒后都有“摄修心要”。一次，他的弟子们在讨论犯盗戒的罪相轻重问题，上师说：“一根草也不能盗，占便宜的心都不应该有。”如教修行，如说而行，一切佛经无非教授教诫，是上师一生教诫大众的根本意旨。也正因如此，他通过自己的切身修行，才达到了很高的成就，成了后学们学习的典范。