晋院之后，虚云和尚率众栖身于观音堂一破室中，同时筹料购材开始修复。在李济深、李汉魂等护法和众多四众弟子的资助下，虽然当时正处在抗日军兴艰难时期，虚云和尚仍以百岁高龄亲自带头，伐木抬料，挖地平土，为祖庭的重振辛勤劳作，长达六、七年之久。到民国三十七年（1948）底，云门山大觉禅寺的修复重建工程大体告竣。全寺殿宇楼阁重建全新，分三进四路、呈“川”字形布局。大雄宝殿居全寺中心，坐西北向东南，高有5丈，宽达36丈，重檐斗拱砖木结构，前有月台，月台下有大丹墀。后有大天井，左右有长天井。大雄宝殿正中供奉高有数丈的释迦牟尼佛、药师佛、阿弥陀佛等圣像，后壁供奉海岛观音及文殊、普贤两大菩萨像，左右两边供奉有十八罗汉及二十四诸天圣像等。

第一进殿宇分左中右三栋，中栋即头山门，天王殿、韦驮殿。左栋为旭日楼，右栋为明月楼。第二进殿宇也分左中右三栋，中栋为法堂、戒坛、藏经阁，系一栋二层砖木结构建筑。法堂之中上奉释迦牟尼佛像，中置狮子座。左栋为祖堂，供奉开山祖师文偃真身及本宗历代祖师牌位。右栋为方丈。其余的客堂、钟楼、鼓楼、伽蓝殿、云水堂、香积厨、斋堂、库房、功德堂、祖师殿、禅堂等分列两侧，各成二路而建。全寺总计重建殿、堂、阁、寮、厅、楼、库等180多间，总建筑面积有7千多平方米，连放生池、海会塔等计算，全寺占地面积有20余亩。全寺新塑且均装金饰彩佛、菩萨圣像达80余尊。历数载艰辛，云门祖庭终于重光，梵宇清净，宝相庄严。

在主持重建云门祖庭时，资金很为紧张，虚云和尚则亲率僧众挖土挑砖、打洞掘基，所有的粗活都尽力由僧人去做，以节省雇佣工人的开支。不仅如此，当时正是抗日战争中国百姓最困难的时候，在粤北尤其艰苦。日寇进犯，百姓流离失所。当时乳源县城沦陷，数千名县内外百姓为避战乱先后拥进云门山大觉禅寺。一时间，寺中粮食十分紧张。面对这一情况，虚云和尚率众僧千方百计安顿难民，同时与大家一道先是由干饭改为稀粥，到后来实在没有米了，只好率众上山采挖前些年备种的木薯，磨粉做糕以为果腹。众人看到虚云和尚已是百余岁老人，仍亲自带头与难民同甘共苦，很是感动。在寺里修复殿宇的木工、泥工、烧瓦匠等近百名工匠主动提出暂时不领工资，而且在以木薯粉代粮食的情况下，主动加班加点，以推进工程早日完成。正是这样，云门山大觉禅寺修复重建工程在当时极端困难的情况下，不但没有停缓，反而加快进度，这应当说与虚云和尚以身作则，为法忘我的表率作用是分不开的。

在极端困难的情况下维持常住僧众和入寺避难百姓的生活的同时，虚云和尚对寺院周围村民的关注也是很为深切。当云门寺修复重建工程刚刚开始时，虚云和尚就与寺中执事商议，工程所需诸种工匠，除特殊情况要到外地聘请者外，大多数工匠和杂务工人都在寺院周围村庄请，以解决当地村民的困难。同时，建筑所需木材石料，全由寺院周围村民采供，并以比市价略高的价钱卖给寺里。非只如此，在云门村民遇到危险困苦时，虚云和尚总是不顾已是百岁高龄挺身而出。民国三十三年（1944）12月，因遭土匪抢劫了军粮而迁怒于云门山区附近数十乡村村民的某部队，一下子拘捕了数十个村民，抄没了不少牲畜财物。无奈之中，村民们避入云门山大觉禅寺。虚云和尚得知情况后，挺身而出，3次亲自步行数十里来到该部驻乳源县营房，见其官长，代灾民陈说实情，请求开释无辜，发还扣留的财物与牲畜。经过多番周折，数次交涉，终于如愿退还灾民财物与牲畜。

民国三十四年（1945）2月，日寇入侵乳源县，一路上烧杀抢掠，奸淫妇女，无恶不作。当日寇先头部队骑兵来到云门山大觉禅寺那天，寺中有难民百余人，大家惊恐万分。在这紧急关头，虚云和尚临危不惧，率僧众照常上殿举行早晚功课。日寇骑兵少佐恰好是个佛教徒，入云门山大觉禅寺后见虚云和尚威仪庄严无比，顿时为之慑服，主动与虚云和尚交谈，并接受其告严饬所属，勿扰人民的请求，因而使寺院附近数乡村庄免受骚扰。正是这样，虚云和尚以佛门弟子慈悲心怀，关心民众困难疾苦，关键时刻置己身安危于不顾，挺身而出，为乡民解困救难，赢得了乡民们的好评和敬仰。