接着又到杖林山向一位居士胜军论师求教。胜军论师本来是苏剌侘国人，属刹帝利种族，从小就聪颖好学，先在贤爱论师门下学习《因明论》，又跟随安慧菩萨学《声明论》、《大小乘论》，再向戒贤论师学《瑜伽师地论》。他不但精通佛法，即使世间一般的学问也很广博，外道的四吠陀典，以及天文地理、医方术数，没有一样不擅长。道德风范尤其难得，当时的摩揭陀国满胄王仰慕他的德学，派大臣前往迎请，又赐封他二十大邑要立他为国师，却被婉转拒绝了。满胄王死后，后来的戒日王再加数倍的供养，以封地乌荼国八十大邑要迎请他立为国师，虽再三恳请，胜军论师还是坚决地推辞，他对戒日王说：“接受别人的赏赐，就要为他分忧解劳。我现在连解脱生死缠缚都没有时间了，哪有时间可以为大王做事呢？”说完便作揖离开，戒日王也不敢强留。 从此他就在杖林山开课讲授佛法经论，不论出家、在家，很多人都拜他为师，讲席以下，常有几百人同时听讲。奘师跟随胜军论师前后共有两年，学了《唯识抉择论》、《意义理论》、《成无畏论》、《不住涅槃论》、《十二因缘论》以及《庄严经论》，并请教了《瑜伽》、《因明》等中的疑问。

有一天晚上，奘师做了一个梦：那烂陀寺充满了荒芜杂乱的景象，到处拴着水牛，看不见一个僧侣。他从幼日王院的西门进去，忽然看见第四重阁上站着一个金人，光明庄严，内心很是欢喜，他想往上爬，却爬不上去，只好请金人接引，金人告诉他说：“我是曼殊室利菩萨，由于你业缘未尽，现在还不能到这里来。”说完指着寺外的景象给他看，奘师看到一片火海，寺外村落全部化为灰烬，金人又告诉他说：“你赶快回国，十年后戒日王驾崩，印度会引起一片荒乱，盗贼四起，掳掠烧杀，千万不要忘记。”说完就不见了。

奘师惊醒后，感叹奇怪，第二天就把梦境告诉胜军论师，胜军论师说：“三界本来就是无常的，也许将来梦境会成为事实，菩萨既指示这样的预兆，你就自己安排吧！”

当初奘师将要西行求法之时，菩萨示现劝阻戒贤论师不可因病取灭，必需等待奘师到来，传授教法。如今法师滞留印度，迟迟未归，菩萨又示现告诫世事无常，明示法师回国。由此而知大乘行者的所作所为都有诸佛菩萨加持护念的。若非发大乘心，行菩萨行，怎么可能有此感应？

后来唐朝的永徽（公元650～655年）末年，戒日王果然驾崩，印度陷入兵荒马乱，与菩萨预言的一样。大唐使臣王玄策曾经亲见此事。

按印度风俗，正月初，是瞻礼舍利之修福佳节。这时候，菩提寺正请出佛陀舍利供大众瞻礼，奘师也和胜军论师结伴前去。只见来自各国的人，人山人海，都争先恐后，想要一睹佛陀舍利。奘师好不容易进入恭敬礼拜后，瞻仰佛骨舍利，只见骨舍利大小不同，大的像圆珠，晶莹剔透，颜色有红有白：而肉舍利则像豌豆，红润如同玛瑙。当晚，奘师和胜军论师两人都对舍利大小的不同产生疑惑，胜军论师问：“弟子看到余处舍利如米粒大小，怎么今天看到的佛陀舍利竟然能像碗豆，或圆珠那么大呢？法师您有疑惑否？“奘师回答：“玄奘也有此疑惑。”就在两人苦思不解的时候，忽然室内室外充满光明。两人感觉奇怪，走出室外一看，见到舍利塔中射出万丈光芒，直冲云霄，五彩映地，连星月的光都被掩盖住了；那个时候，空气中弥漫着一种特殊的芳香，令人闻了神清气爽。此时众人奔走相告，说舍利塔有大神变，一下子就聚集了很多人，观礼赞叹这个难得一见的奇迹。前后约一顿饭的时间，舍利塔发出的光才慢慢收敛，最后并绕塔几圈才收入塔里。至此，奘师两人心中的疑惑总算解除。

奘师在菩提寺期间，每日前往礼菩提树及其它圣迹，停留八日才回到那烂陀寺。这时戒贤论师要奘师为众开讲《摄大乘论》及《唯识抉择论》，不过在这之前，已先有师子光大德讲《中观论》和《百论》，并且以中、百二论批斥《瑜伽师地论》。奘师对中、百二论和《瑜伽师地论》都有很深的造诣与心得，知道两者同一法源，决不会互相抵触，只是圣者随机设教方便度众而已；由于学者没有融会贯通，才会说二者乖反，这是学人的原因，决不是法本身有矛盾。奘师见其局于一边，心生悲愍，几次前往与师子光辨难，师子光无法自圆其说，因此原本跟随他学的人，都渐渐跑去跟奘师学习。