贞观二十三年夏四月，太宗驾幸翠微宫，太子和法师都陪同前往，政务之余，常和法师谈经论道，请示因果报应的问题，也常问到西域先圣遗芳故迹。法师引经据典，详加讲述，太宗深信不疑，常常拉着法师的袖子叹道：“朕和法师相逢恨晚，不得广兴佛事。”　

太宗此行离京时，身体已稍感不适，但精神言谈丝毫没有影响。至五月己巳时，轻微头痛，就留法师在宫中。庚午，太宗在含风殿驾崩，消息马上封锁，直到回到京城才发丧，灵柩停放在太极殿。太子含悲即位，是为高宗。这一天，皇太子在梓宫（天子的棺材）之侧含悲即位，改年号为永徽。

法师回慈恩寺后，就专心从事译经的工作，分秒必争。每日制定译经的课程，如果白天因事未能完成，也一定在晚上继续完成。每天译完经后，还要念经拜佛，直到三更才睡，然后五更便又起床，一边诵读梵文原典，一边用朱笔作眉批，以作为一天译经的参考。

每日斋后和黄昏二时，法师为寺众宣讲新译的经论，为本寺弟子及诸州学僧辨难释疑。

寺内弟子一百多人日夜都来请示教诫，室外檐廊下常站满恭候谒见法师的人，法师全都酬答处分，从不遗漏。空闲时还常为寺内的大德讲说西方圣贤的论义及各部的差异，还为他们讲述少年时在国内游学及游历西域诸国时的种种见闻，其间高谈阔论，兴致盎然，竟无疲怠。王公大臣常来寺礼佛，法师也都招待应酬，耐心诱导，使他们都能虔诚皈依三宝。大家对法师无不肃然起敬，衷心赞扬。

永徽二年（公元651年）春正月壬寅，瀛州（河北河间市）刺史贾敦赜、蒲州（山西永济市）刺史李道裕、谷州（河南渑池县）刺史杜正伦、恒州（河北正定县）刺史萧锐因等人，因朝觐聚集在京师，公事之余，一起到慈恩寺参拜法师，并请法师为他们授菩萨戒。法师授完后，并为他们广说菩萨行法，劝勉他们事奉君主要尽忠，对待下属要慈爱。群公欢喜辞别后各舍净财，并修书派专使送来礼谢法师。其书曰：

“窃闻：身非欲食，如来受纯陀之供；法无所求，净名遂善德之请；皆为显至理之常恒，示凡圣之无二。又是因机以接物，假相而弘道，为之者表重法之诚，受之者为行檀之福。岂曰心缘于彼此，情染于名利者哉？

仰惟宿殖德本，非于三四五佛，深达法相，善识十二部经。独悟真宗，远寻圣迹，游崛山之净土，浴恒水之清流。入深法界，求善知识，收至文于百代之后，探玄旨于千载之前。津梁庶品，不噭不昧，等施一切，无先无后。

赜等识蔽二空，业沦三界；犹蚕丝之自缠，如井轮之不息，虽复顺教生信，随缘悟解，顶礼归依，受持四句，隐身而为宴坐，厌苦而求常乐；而远滞无明，近昏至理，未能悟佛性之在身，知境界之唯识。

心非无取，义涉有无。不能即八邪而入八正，行非道而通佛道，譬涉海而无津，犹面墙而靡见。昨因事隙，遂得参奉，曲蒙接引，授 菩萨戒，施以未曾有法，发其无上道心。一念破于无边，四心尽于来际。菩提之种，起自尘劳；火中生莲，曷足为喻！始知如来之性，即是世间，涅槃之际，不殊生死。行于般若，便 是不行；得彼菩提，翻为无得。忽以小机，预闻大教，顶受寻思，无量欢喜。

然夫檀义摄六，法施为优；尊位有三，师居其一。弘慈利物，虽类日月之无心；仰照怀恩，窃同葵藿之知感 。大士闻法捐躯，非所企及；童子见佛奉土，辄敢庶几。谨送片物表心，具如别疏。所愿照其诚恳，生其福田，受兹微施，随意所与。使夫坠露添海，将渤澥而俱深；飞尘集岳，与须弥而永固。可久可大，幸甚幸甚！春寒尚重，愿动止休宜，谨遣白书，诸无所具。贾敦赜等和南。”

书中感谢仰慕之情，溢于字里行间，由此可见当时朝廷显贵对法师的尊重与敬爱。

永徽三年春三月，奘师为了安置西域所请经像，以避免年久失散，兼防火患，计划在大慈恩寺端门的南面建造一座佛塔。于是，法师按照天竺佛塔的式样，设计了一座高达三十丈的石砌佛塔，奏表朝廷请旨兴建，拟显大国之崇基。

高宗闻奏，即敕使中书舍人李义府回报奘师说：“师所营石塔工程浩大，恐难以速成，宜改用砖造。亦不愿师辛苦，今已敕大内、东宫、掖庭等七宫尽人力财物相助，足得成办。”

于是改用砖土营造佛塔。塔的基面各一百四十尺，仿照西域制度，塔分五层，连相轮、露盘在内，全塔高一百八十尺。每层的中心都供有佛陀舍利，或一千二千，总共一万多粒。最上层是石室，南面嵌有两座石碑，分别刻着太宗的《三藏圣教序》和高宗的《述圣记》二文，为尚书右仆射河南公褚遂良亲笔。